四年前，一颗陨石坠落至极地，从中诞生出DNA神奇宝贝-代欧奇希斯，居住在臭氧层的天空神奇宝贝—烈空坐，因而认为代欧奇希斯侵略它的领域，双方展开了一场激烈的殊死战。战况到了最后，烈空坐原本陷入一面倒的惨况，让代欧奇希斯松懈了下来，没想到代欧奇希斯却一时大意，被烈空坐最后的破坏死光消灭，其核心沉到了海里，伦多博士正好带着他的助手优子及儿子小超来此地考察，目睹了这一切，并带走了另一个还留在陨石内没有复活的代欧奇希斯的核心，但是小超从此变得很害怕神奇宝贝。四年后，小智等人为了挑战对战塔，造访了小超居住的高科技城市-拉鲁斯市。在阴错阳差下，小超被误当成挑战者和小智一起被送上竞技场。就在同时，代欧奇希斯又完全复活，它依据其同伴所发出的信号，来到了拉鲁斯市。烈空坐也感觉到代欧奇希斯的复活，向拉鲁斯市飞去，两只神奇宝贝的大战即将一触即发....

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